К каким доходам применяются инвестиционные налоговые вычеты?

Вычет предоставляется на всю сумму доходов, облагаемых по ставке 13%. Т.е. вычет по ИИС можно получить и с доходов от операций с ЦБ по обычному брокерскому договору, и с любых ваших иных доходов, облагаемых по ставке 13%.